У Пантикапея долгая и бурлящая событиями история. Войны, обманы и предательства – все видели его стены. Самой яркой личностью города, несомненно, был Понтийский царь Митридат VI Евпатор. В 107 году до нашей эры он получил власть над Боспором, вошедшим в его царство. В течение трех долгих Митридатовых войн Боспорское царство во главе с Пантикапеем работают на понтийского царя. В конце концов военная удача оставила Митридата, и он бежал в Пантикапей, чтобы укрыться от врагов. Однако его предал сын, и прямо на горе, в крепости, Митридата по его просьбе закалывает начальник охраны. Пантикапей сдается Риму, а царем его становится Фарнак, сын Митридата.
Пантикапей опоясывала мощная система каменных укреплений. По некоторым характеристикам она превосходила афинскую. Рядом с городом находился некрополь. Он демонстрирует то, как смешивались разные культуры: в отличие от греческих некрополей, состоящих из грунтовых захоронений, некрополь Пантикапея был дополнен длинными цепями курганов. Самая значительная из них, именуемая Юз-Оба, состоит из ста курганов. Под их насыпями спят вечным сном великие скифские вожди и полководцы. Другие знаменитые курганы окрестностей Пантикапея: Царский, Золотой, Мелек-Чесменский и Куль-Оба.